中心主辦公區(qū)（淮安市枚皋路6號公共衛(wèi)生中心）建筑面積近3萬㎡，獨(dú)立實(shí)驗(yàn)樓1.3萬㎡，下設(shè)辦公室、財(cái)務(wù)科、應(yīng)急辦、質(zhì)量管理科、科教信息科、后勤保衛(wèi)科、傳染病防治科、慢性病地方病防治科、消毒與媒介生物防治科、公共衛(wèi)生科、營養(yǎng)與食品衛(wèi)生科、皮膚性傳播疾病防治科（性病艾滋病防治科）、結(jié)核病防治科、預(yù)防性體檢科（皮膚病醫(yī)院門診部）、檢驗(yàn)科、健康教育所16個(gè)科室。內(nèi)外環(huán)境優(yōu)美、辦公條件一流，現(xiàn)代化的衛(wèi)生應(yīng)急處置指揮中心和健康教育演播大廳等矗立其間，職工活動中心、閱覽室、配屬食堂等設(shè)施齊備。

中心核定編制216人，現(xiàn)有碩士以上人員90人、江蘇省“333”人才4人、省突出貢獻(xiàn)中青年專家1人、市“533”英才工程培養(yǎng)對象31人，系東南大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、南通大學(xué)等高等院校的教學(xué)實(shí)習(xí)基地。十三五以來，累計(jì)承擔(dān)國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目3項(xiàng)、青年基金項(xiàng)目1項(xiàng)、其他省市級項(xiàng)目50余項(xiàng)，年均發(fā)表學(xué)術(shù)論文110篇以上，獲國家、省、市級科技獎(jiǎng)8項(xiàng)、國家專利8項(xiàng)、醫(yī)學(xué)新技術(shù)引進(jìn)獎(jiǎng)6項(xiàng)。

中心于1989年在全省地市疾控率先通過省級計(jì)量認(rèn)證，擁有食品檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)、健康相關(guān)產(chǎn)品法定檢驗(yàn)單位、職業(yè)健康檢查機(jī)構(gòu)、職業(yè)衛(wèi)生技術(shù)服務(wù)機(jī)構(gòu)等資質(zhì)。現(xiàn)設(shè)HIV確證實(shí)驗(yàn)室、PCR實(shí)驗(yàn)室、分子分型實(shí)驗(yàn)室、色譜儀器分析實(shí)驗(yàn)室等18個(gè)專業(yè)實(shí)驗(yàn)室，并建成國家流感監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省食品風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、江蘇省職業(yè)衛(wèi)生重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、淮安市突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急檢測重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等多個(gè)省市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，擁有二代測序儀、流式細(xì)胞儀、病毒載量儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜儀、GC-MS-MS儀、氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀、低本底總αβ放射性檢測儀、液相懸浮芯片系統(tǒng)等各類現(xiàn)代化檢測儀器設(shè)備總值5100余萬元，檢測能力涵蓋了9大類567個(gè)項(xiàng)目。

自成立以來，中心貫徹“預(yù)防為主、防治結(jié)合”方針，全力服務(wù)人民健康和“健康淮安”建設(shè)，在歷次應(yīng)對“非典”、新冠肺炎疫情、人感染H5N1、H7N9禽流感、甲型H1N1流感、“5.12”汶川特大地震等重大事件中貢獻(xiàn)突出，各項(xiàng)工作成績斐然。中心連續(xù)三十多年保持“江蘇省文明單位”榮譽(yù)稱號，多次榮獲全國消滅脊髓灰質(zhì)炎先進(jìn)集體、全省衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)集體、全省疾病預(yù)防控制工作先進(jìn)集體、市五一勞動獎(jiǎng)?wù)碌确Q號。