中心承擔(dān)政府疾病預(yù)防控制技術(shù)管理與服務(wù)職能，主要包括：傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病等預(yù)防與控制、突發(fā)公共衛(wèi)生事件和災(zāi)害應(yīng)急處置、疫情及健康相關(guān)因素信息管理、健康危害因素監(jiān)測與干預(yù)、衛(wèi)生檢測與評價、健康教育與健康促進、疾病預(yù)防控制技術(shù)管理與應(yīng)用研究指導(dǎo)等。

中心內(nèi)設(shè)23個科室，編制373人，截至2021年12月底，在職職工305人，離退休人員213人。各類專業(yè)技術(shù)人員278人，其中高級職稱80人，本科以上學(xué)歷占業(yè)務(wù)人員總數(shù)的85.6%。

中心擁有全省唯一的生物安全三級實驗室，具有包括新冠病毒在內(nèi)的7種高致病性病原微生物實驗資格。擁有微生物、理化檢驗室，毒理學(xué)實驗室，消毒潔凈實驗室，艾滋病確認實驗室，碘缺乏病實驗室，麻疹、脊灰實驗室。中心各類實驗室通過CNAS認證認可的檢驗檢測項目1320個，通過CMA認證認可的檢驗檢測項目1324個。

中心搭建有三大科研合作平臺，分別為省衛(wèi)生健康委與中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)依托中心共建的“聯(lián)合實驗室”，中心與安徽醫(yī)科大學(xué)、中科院物質(zhì)所共同成立的“重大傳染病綜合研究中心”以及與中科大附屬第一醫(yī)院（省立醫(yī)院）共建的“聯(lián)合實驗室”。中心還是“中國疾控中心中國現(xiàn)場流行病學(xué)培訓(xùn)項目安徽基地”“安徽醫(yī)科大學(xué)預(yù)防醫(yī)學(xué)專業(yè)教學(xué)基地”。傳染病病原分子生物學(xué)實驗室、現(xiàn)場流行病學(xué)是安徽省“十三五”醫(yī)療衛(wèi)生重點實驗室/重點專科；現(xiàn)場流行病學(xué)、病原微生物分子生物學(xué)實驗室和艾滋病病毒分子與免疫學(xué)中心實驗室是安徽省“十四五”醫(yī)療衛(wèi)生重點實驗室/重點?？啤Ｒ呀ǔ蓢彝话l(fā)急性傳染病防控隊（安徽）。

中心文明創(chuàng)建碩果累累，蟬聯(lián)四屆全國文明單位，獲得全國抗擊新冠肺炎疫情先進集體、全國工人先鋒號、全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體、全國衛(wèi)生系統(tǒng)衛(wèi)生文化建設(shè)先進單位、全國醫(yī)藥衛(wèi)生系統(tǒng)先進集體、安徽省文明單位、安徽省抗洪救災(zāi)先進集體等各類榮譽70余項。中心涌現(xiàn)出全國抗擊新冠肺炎疫情先進個人、全國抗擊新冠肺炎疫情三八紅旗手、全國抗疫最美家庭、安徽省勞模、安徽省優(yōu)秀援疆干部、安徽省雙百優(yōu)醫(yī)生、安徽省抗擊新冠肺炎疫情先進個人、安徽好人、安徽省五一勞動獎?wù)聜€人、安徽省五四青年獎?wù)聜€人、安徽省巾幗崗位標(biāo)兵、安徽省優(yōu)秀共青團員、省直機關(guān)十大杰出青年、省直機關(guān)道德模范、合肥好人、合肥市崗位學(xué)雷鋒標(biāo)兵等先進模范人物。