國家海洋局第二海洋研究所創(chuàng)建于1966年，是一座綜合型公益性海洋研究機(jī)構(gòu)。主要職能是從事海洋基礎(chǔ)研究、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)研究，促進(jìn)海洋科技進(jìn)步，為海洋管理、公益服務(wù)、海洋經(jīng)濟(jì)發(fā)展及海洋安全提供科技支撐。作為國內(nèi)從事海洋調(diào)查與研究的主要單位之一，建有一個(gè)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、三個(gè)國家海洋局開放實(shí)驗(yàn)室以及一個(gè)所級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。擁有與國際接軌的、可用于近岸到深海海洋調(diào)查研究所需的、總價(jià)值上億元的多專業(yè)內(nèi)外業(yè)儀器設(shè)備。2014年海洋二所與舟山市政府聯(lián)合組建的“國海舟山海洋科技研發(fā)基地”，基地占地55畝、占用岸線300米、建設(shè)5000噸級(jí)碼頭泊位2個(gè)，位于舟山長峙島毗鄰浙江海洋大學(xué)，擬建設(shè)成為集深?？茖W(xué)研究、海洋資源開發(fā)與環(huán)境保護(hù)、技術(shù)研發(fā)與裝備制造為一體的科研基地。