1956年8月，在中央“向科學(xué)進(jìn)軍”的號(hào)召下，交通運(yùn)輸部水運(yùn)科學(xué)研究院（以下簡(jiǎn)稱(chēng)“水運(yùn)院”）應(yīng)運(yùn)而生，從此，新中國(guó)在水運(yùn)科技領(lǐng)域有了自己“國(guó)家隊(duì)”。水運(yùn)院是我國(guó)成立最早、規(guī)模最大的水路交通運(yùn)輸科研機(jī)構(gòu)，也是我國(guó)唯一涵蓋水路交通運(yùn)輸各個(gè)領(lǐng)域的綜合性科研事業(yè)單位。

建院以來(lái)，水運(yùn)院在不同歷史時(shí)期高質(zhì)量完成了一系列國(guó)家級(jí)和省部級(jí)重大科研課題，牽頭組織開(kāi)展了多項(xiàng)重大科研攻關(guān)，取得了系列重要科研成果，創(chuàng)造了中國(guó)水運(yùn)科技史的多項(xiàng)第一，有力的支撐了我國(guó)水運(yùn)事業(yè)蓬勃發(fā)展。如與蘇聯(lián)專(zhuān)家合作研究和設(shè)計(jì)制造我國(guó)第一臺(tái)浮船吸煤機(jī)，規(guī)劃我國(guó)第一條國(guó)際集裝箱運(yùn)輸航線(xiàn)，研發(fā)國(guó)內(nèi)第一只國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)集裝箱，設(shè)計(jì)國(guó)內(nèi)第一臺(tái)岸邊集裝箱裝卸橋，開(kāi)發(fā)第一套集裝箱碼頭管理信息系統(tǒng)等。

作為水運(yùn)科學(xué)研究的國(guó)家隊(duì)，在交通運(yùn)輸部黨組的正確領(lǐng)導(dǎo)下，水運(yùn)院近年來(lái)始終以加快建設(shè)交通強(qiáng)國(guó)為使命，以水運(yùn)科研高質(zhì)量發(fā)展為主題，以“政治建院、科研立院、改革興院、人才強(qiáng)院”建設(shè)為總抓手，持續(xù)瞄準(zhǔn)“加快建設(shè)交通行業(yè)高端智庫(kù)和世界一流科研機(jī)構(gòu)”愿景目標(biāo)，深化“為政府決策提供智力支撐、為行業(yè)重大工程提供技術(shù)支撐”的職能定位，在為部服務(wù)、科技支撐引領(lǐng)行業(yè)發(fā)展等方面都做出了突出的貢獻(xiàn)。水運(yùn)院深度參與我國(guó)水運(yùn)發(fā)展戰(zhàn)略政策的研究和技術(shù)支撐工作，特別是在海運(yùn)強(qiáng)國(guó)戰(zhàn)略、內(nèi)河優(yōu)勢(shì)發(fā)展戰(zhàn)略、長(zhǎng)江航運(yùn)高質(zhì)量發(fā)展、智能航運(yùn)發(fā)展、建設(shè)世界一流港口、綠色航運(yùn)等方面取得了多項(xiàng)重大研究成果。水運(yùn)院在行業(yè)技術(shù)創(chuàng)新方面發(fā)揮了示范引領(lǐng)和支撐作用，如承擔(dān)了水上溢油應(yīng)急處置關(guān)鍵技術(shù)、基于船岸協(xié)同的船舶智能航行與控制關(guān)鍵技術(shù)等重大國(guó)家科研項(xiàng)目的研發(fā)；研制的“水運(yùn)一號(hào)”搭載長(zhǎng)征11火箭成功發(fā)射，成為全球首個(gè)依托商業(yè)衛(wèi)星實(shí)現(xiàn)船舶在軌智能跟蹤拍攝的衛(wèi)星載荷。截止到2019年底，水運(yùn)院共完成各類(lèi)科研項(xiàng)目8000余項(xiàng)，獲得國(guó)家級(jí)科學(xué)獎(jiǎng)勵(lì)30項(xiàng)，省部級(jí)科技獎(jiǎng)勵(lì)400余項(xiàng)，專(zhuān)利近200項(xiàng)，軟件著作權(quán)百余項(xiàng)。

經(jīng)過(guò)多年發(fā)展，水運(yùn)院形成了以“水運(yùn)經(jīng)濟(jì)、安全應(yīng)急、環(huán)保節(jié)能、現(xiàn)代物流、智能水運(yùn)”五大科研領(lǐng)域?yàn)橹鳌⒒救娓采w水路交通運(yùn)輸各個(gè)方向的專(zhuān)業(yè)體系，集咨詢(xún)服務(wù)、裝備研發(fā)、工程設(shè)計(jì)、航運(yùn)服務(wù)、交流培訓(xùn)五大產(chǎn)業(yè)板塊于一體的業(yè)務(wù)領(lǐng)域。

水運(yùn)院總占地面積約17.2萬(wàn)平方米，建筑面積約6.6萬(wàn)平方米，在大興擁有一座占地208畝的大型綜合性實(shí)驗(yàn)基地，在黃河小浪底庫(kù)區(qū)建有1000 余畝的洛陽(yáng)華洋生態(tài)科技園，在天津和青島正在規(guī)劃建設(shè)海上溢油應(yīng)急處置實(shí)驗(yàn)基地和智能航運(yùn)研發(fā)基地。建有1個(gè)國(guó)家國(guó)際科技合作基地、3個(gè)交通行業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、5個(gè)院級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和3個(gè)政府決策支持平臺(tái)。水運(yùn)院創(chuàng)立出版《水運(yùn)科技》《水運(yùn)科學(xué)研究》《集裝箱運(yùn)輸》和《船舶防污染》等多本內(nèi)部刊物，定期向行業(yè)提供《水路交通決策參考》，定期發(fā)布中國(guó)港口股票指數(shù)和中國(guó)航運(yùn)股票指數(shù)，是研判水運(yùn)行業(yè)經(jīng)濟(jì)運(yùn)行形勢(shì)的重要指標(biāo)。

截至2019年底，水運(yùn)院現(xiàn)有7個(gè)機(jī)關(guān)職能部門(mén)、14個(gè)院屬機(jī)構(gòu)、3個(gè)院管單位，18個(gè)院屬企業(yè)（含控股）、1個(gè)博士后科研工作站，掛靠有3個(gè)全國(guó)標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)及分支機(jī)構(gòu)、5個(gè)中國(guó)航海學(xué)會(huì)分支機(jī)構(gòu)、7個(gè)專(zhuān)業(yè)工作機(jī)構(gòu)。通過(guò)完善人才引進(jìn)、培養(yǎng)和激勵(lì)機(jī)制，進(jìn)一步加強(qiáng)了各類(lèi)人才的統(tǒng)籌規(guī)劃，人才隊(duì)伍持續(xù)壯大，人才素質(zhì)明顯提升，人才結(jié)構(gòu)不斷優(yōu)化。水運(yùn)院現(xiàn)有職工1300人，其中在職職工1028人，離退休人員272人。院本部事業(yè)編制人員391人，其中碩士以上學(xué)歷占72.7%，具有高級(jí)專(zhuān)業(yè)技術(shù)職稱(chēng)及以上占53.9%；企業(yè)及勞務(wù)人員152人。2016年1月，按照部黨組政事改革的要求，交通運(yùn)輸部環(huán)境保護(hù)中心、中國(guó)海事服務(wù)中心、交通安全質(zhì)量管理體系審核中心三個(gè)中心成建制從部海事局劃轉(zhuǎn)至我院，交通運(yùn)輸部環(huán)境保護(hù)中心在編職工23人；中國(guó)海事服務(wù)中心在編職工37人；北京中交綠通科技有限公司36人，華洋海事中心有限公司389人，此外還擁有船員4400人，每年向全球150家船東近400艘船舶派遣船員15000人次。

高層次人才培育力度不斷加大，人才儲(chǔ)備體系初步建立。其中，第三屆交通運(yùn)輸部專(zhuān)家委員會(huì)委員3人，享受?chē)?guó)務(wù)院政府特殊津貼8人次，交通運(yùn)輸部“新世紀(jì)十百千人才工程“第一層次人才3人，首批新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程國(guó)家級(jí)人選2人，交通運(yùn)輸青年科技英才12人，交通運(yùn)輸部科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才2人，航海學(xué)會(huì)科技貢獻(xiàn)突出人物5人，航海學(xué)會(huì)青年科技人才3人，院首席研究員3人，院青年首席研究員12人，院青年科技英才19人，歷年入選國(guó)家和省部級(jí)專(zhuān)家?guī)?00余人次。