1986年，在巴川鎮(zhèn)衛(wèi)生院基礎上成立銅梁縣中醫(yī)院。1992年提出創(chuàng)建“二級甲等”中醫(yī)院的目標，1996年12月20日，縣中醫(yī)院通過了國家中醫(yī)醫(yī)院分組管理委員會專家組的評審，成為重慶市首批“二級甲等”中醫(yī)院。

2002年，縣中醫(yī)院開始創(chuàng)建全國“十五”重點中西醫(yī)結合骨傷科建設項目，于2006年10月29日通過國家中醫(yī)藥管理局專家組的評審驗收，成為全國唯一一家通過國家級重點?？平ㄔO任務評審驗收的縣級中醫(yī)院。

2003年，縣中醫(yī)院在西南地區(qū)縣級中醫(yī)院中，率先導入ISO9000質量管理體系，2004年7月一次性通過評審認證，獲得由中質協(xié)質量保證中心頒發(fā)的質量管理體系認證證書。該管理體系的導入，理順了行政、人事、醫(yī)療、設備、藥品等方面的管理秩序，使醫(yī)院走上了科學化、制度化的管理軌道。

2006年，縣中醫(yī)院利用奧地利政府貸款，購置了17臺（套）先進醫(yī)療設備，總價值近2000萬元人民幣。目前，醫(yī)院擁有GE1.5T超導核磁共振成像系統(tǒng)（MR），16層計算機斷層X線掃描裝置（CT），德國西門子多功能數(shù)字減影血管造影X線機（DSA）、數(shù)字化X線攝影系統(tǒng)（DR）、彩色多普勒超聲診斷儀、全自動生化分析儀等先進診療設備，整體醫(yī)療設備水平在縣內乃至周邊區(qū)縣醫(yī)院中處于領先地位，為疑難病癥的診療提供了強大支持。一些先進的醫(yī)療技術逐漸開展起來，如冠狀動脈造影及支架內置術等。目前，在部分新技術中，不少項目處于縣內乃至周邊區(qū)縣醫(yī)院領先地位。

2010年，縣中醫(yī)強院提出創(chuàng)建三級綜合性中醫(yī)院目標任務。2013年12月通過國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)醫(yī)院評審專家組驗收，我院成功創(chuàng)建為國家三級甲等中醫(yī)醫(yī)院。